GMDS 2013 - Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit von Forschungsdaten in elektronischesn Laborbüchern

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Information about GMDS 2013 - Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und...
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Published on September 16, 2014

Author: bmarzec

Source: slideshare.net

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GMDS 2013: 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)

Vortrag

http://dx.doi.org/10.3205/13gmds051

http://www.mi.med.uni-goettingen.de Institut für Medizinische Informatik Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeitvon Forschungsdaten in elektronischen Laborbüchern Bartlomiej Marzec, Philipp Weil, Sara Y. Nussbeck bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de GMDS 2013, Lübeck, 3. September 2013

Hintergrund •Electronic Laboratory Notebooks(ELN) ermöglichen die bessere Nachnutzung von Forschungsdaten durch gezielte Annotation mit Metadaten. •Für die Erfassung der Daten müssen Formulare im ELN entwickelt werden. •Verwendete Software ermöglicht freie Konfiguration und Strukturierung der Formulare. 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 2

Ziele der Formularentwicklung •Zusammenführung von existierenden Standards mit wichtigen Metadaten der Nutzer für optimale Nachnutzung der Daten. •Klare Strukturierung der Formulare für spätere Durchsuchbarkeit. 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 3

Prozess der Entwicklung der Formulare 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 4

1. Erstellung eines reduzierten DMP-Fragenkataloges •Als Grundlage dienten DCC und WissGridChecklisten zum Datenmanagementplan (DMP). •Relevante Fragen für die Interviews mit Wissenschaftlern wurden übernommen. 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 5

2. Interviews und Workflowanalyse mit Wissenschaftlern •Beantwortung der Fragen. •Besprechung der bisherigen Aufzeichnungen und dem Laborworkflow. •Analyse der Abhängigkeiten zwischen einzelnen Daten. 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 6 (Laborworkflow) (Datenobjekte und Relationen) (Notizen des Wissenschaftlers)

3. Literaturrecherche zur Ermittlung der Metadatenstandards •Pubmed •MIBBI •Biosharing •Europhenome 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 7

4. Abgleich der Interviews mit MD-Standards •Strukturierung der Daten des Wissenschaftlers unter der Verwendung von Standards. •Definition der Messdaten (Bezeichner, Datentyp, Eingabeformat). 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 8 Standards Wissenschaftler

5. Strukturieren der Datenerfassungsformulare •Implementierung der Formulare mit den Messfeldern. •Optimierung der Benutzbarkeit (z.B. über Default-Werte). 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 9

Zusammenfassung •Erfassung einzelner Experimente ist für eine strukturierte Annotation in ELNs nicht ausreichend im Hinblick auf eine Durchsuchbarkeit und Nachnutzung der Forschungsdaten. •Bei der Annotation müssen die Metadatenschemata an Standards angepasst werden. •Resultat ist ein generischer Workflow für die Entwicklung von Datenerfassungsformularen für ELNs. 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 10

Kontakt BartlomiejMarzec, Philipp Weil und Sara Y. Nussbeck Universitätsmedizin Göttingen Institut für Medizinische Informatik Robert-Koch-Str. 40 37075 Göttingen Tel.:+49 551 39-22472 Web:http://www.mi.med.uni-goettingen.de/ E-mail:bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.dephilipp.weil@med.uni-goettingen.de, sara.nussbeck@med.uni-goettingen.de 03.09.2013 Bartlomiej Marzec – bartlomiej.marzec@stud.uni-goettingen.de 11 Supported by the DFG (SFB 1002, TP „INF“)

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